Bezpieczeństwo danych to jedna z kluczowych kwestii jakie musi zapewnić profesjonalny program magazynowy. Informacja jest w dzisiejszych czasach najbardziej cennym towarem tak więc dobre zabezpieczenie firmowych danych to kluczowe zadanie. Takie zabezpieczenia muszą gwarantować, że przerwy w zasilaniu nie spowodują uszkodzenia czy utraty danych. Ponadto program magazynowy powinien udostępniać narzędzia służące do zarządzania dostępem do plików.
Zwykle wykorzystuje się do tego scentralizowane przechowywanie danych. Programy magazynowe korzystające z takiego rozwiązania posiadają system nadawania uprawnień i definiowanie reguł dostępu nawet do pojedynczych plików. Ważną funkcją jest również rejestrowanie każdej wykonanej na plikach operacji. Istotne są również czytelne statystyki i raporty zawierające dane. Takie funkcje dają narzędzia niezbędne do tego aby efektywnie kontrolować przepływ danych. Kolejnym ważnym zabezpieczeniem jakie powinien posiadać dobry program magazynowy jest zabezpieczenie sieci lokalnej przed niepowołanym dostępem z zewnątrz i atakami internetowymi. Profesjonalne oprogramowanie magazynowe nie może obyć się również bez systemu automatycznego tworzenia kopi zapasowych z możliwością wskazania miejsca tworzenia kopii oraz określenia rodzaju kopii i częstotliwości jej generowania.